În urmă cu mai puţin de două luni, pe 29 martie, o altă aeronavă a companiei a fost implicată într-un incident.
Un avion de pasageri care zbura pe ruta Alexandria-Cairo a fost deturnat şi a aterizat în Cipru. Aeronava a aterizat pe aeroportul din Larnaca și după câteva ore tensionate, în care majoritatea ostaticilor au fost eliberați, atacatorul a fost arestat.
Pe 29 Iulie 2011, cabina piloţilor a unei aeronave Boeing 777-200 a aceleiaşi companii de zbor a luat foc pe aeroportul din Cairo. De vină ar fi fost un scurt-circuit. Nimeni nu a fost rănit, dar aparatul de zbor a fost distrus în totalitate.
Pe data de 7 mai 2002, zborul EgyptAir 843 s-a prabușit pe timp de ploaie, ceață și furtună de nisip în drum spre Tunisia, omorând 15 din cei 64 pasageri.
Pe data de 31 octombrie 1999, zborul EgyptAir 990 - un avion Boeing 767 ce zbura pe ruta New York-Cairo s-a prăbușit în Oceanul Atlantic în dreptul orașului Nentucket, Massachusetts. Autoritățile americane au suspectat pilotul de sinucidere și de prăbușirea intenționată a avionului, fapt negat cu vehemență de oficialii egipteni.