Despre Institutul Cantacuzino se spune de multă vreme că ar fi o ţintă a rechinilor imobiliari din Capitală. Are în proprietate patru hectare de teren în Cotroceni şi alte zece în Băneasa, ambele zone la fel de scumpe. Iar interesele imobiliare au fost considerate principalul motiv pentru care Institutul a fost lăsat să intre în colaps.
În 2014, ministrul sănătăţii de atunci, Eugen Nicolăescu i-a cerut Serviciului Român de Informaţii să verifice modul în care au fost contaminate vaccinurile antigripale produse de Institutul Cantacuzino. Nicolăescu nu excludea varianta unui sabotaj. Cert este că acea contaminare a blocat practic activitatea Institutului, care ar putea reîncepe livrarea de vaccinuri de la anul.
Institutul Cantacuzino a primit de la Guvern la recenta rectificare bugetară aproximativ zece milioane de euro pentru acoperirea datoriilor şi plata salariilor celor 435 de angajaţi.