Membru cu ştate vechi în PNL, Nini Săpunaru a devenit preşedintele Organizaţiei de tineret PNL Vrancea imediat după înscrierea în partid în 1990. Din 1991, a condus timp de trei ani organizaţia municipală a PNL Focșani. El a ocupat şi funcţii în administraţia locală: a fost din 1992, până în 2000 consilier local la Focşani. În 1997, ajunge în conducerea centrală a PNL, fiind însă retras în a doua linie în 2001.
Între anii 1997 si 1999, Nini Săpunaru a fost şef al Direcţiei Generale a Vămilor, timp în care activitatea Direcţiei a fost marcată de scandaluri de corupţie cu trafic de droguri, produse petroliere şi afacerea "Ţigareta". Numirea lui la conducerea Vămilor a fost contestată de sindicaliştii din Vămi, care spuneau atunci că Nini Săpunaru a ajuns în funcţie pe criterii politice, fără o minimă experienţă în acest domeniu.
Rămas fără funcţii de conducere după mandatul din fruntea Vămilor, Nini Săpunaru a preluat, în 2005, şefia organizaţiei judeţene PNL Vrancea.
Acum este deja la al patrulea mandat de parlamentar şi conduce Comisia pentru agricultură din Camera Deputaţilor.
În 2011, Nini Săpunaru şi Traian Băsescu au avut un schimb dur de replici în legătură cu acuzațiile de corupție aduse lui Sorin Blejnar, care ocupa funcția de președinte ANAF. Preşedintele afirma că Nini Săpunaru ar fi unul dintre cei care au tolerat corupția din vămi.
„Cangrena e veche, este arhicunoscută şi tolerată de toate partidele care s-au succedat la guvernare din '90 şi până acum. (...) Vă aduceţi aminte din timpul războiului iugoslav. România era acuzată de trafic de combustibil. Se făcea prin frontiere. Nu porumbelul ducea combustibil din România în fosta Iugoslavie. Sau nume celebre, ca Dan Radu Ruşanu, vă mai spun ceva legat de vămi? Sau Nini Săpunaru sau Dinu Vamă sau Diaconu?”, a criticat președintele Traian Băsescu.
Nini Săpunaru a reacţionat imediat şi i-a spus şefului statului că pe vremea când conducea Direcţia Generală a Vămilor, Traian Băsescu era ministru al Transporturilor şi că au luptat împreună împotriva traficului de combustibili.