Academia Pontificală de Ştiinţe, condusă de argentinianul Marcelo Sánchez Sorondo, a primit cu „profunda tristeţe” vestea dispariţiei lui Hawking, „un membru excepţional” care a fost atât de „fidel academiei”.
„Celor patru papi cu care s-a întâlnit le-a spus că vrea să avanseze în relaţia dintre credinţă şi raţiunea ştiinţifică. Să ne rugăm ca Domnul să-l primească în împărăţia sa”, se arată în mesaj. Observatorul Astronomic al Vaticanului, cunoscut drept Specola Vaticana şi condus de iezuitul Guy Consolmagno, s-a alăturat mesajelor de omagiu aduse celebrului fizician pentru „enorma contribuţie ştiinţifică pe care a dat-o cosmologiei cuantice” şi a elogiat „curajul cu care şi-a înfruntat cumplita boală”. Primul suveran pontif pe care l-a cunoscut Hawking a fost papa Paul al VI-lea, în 1975, când savantul britanic avea 33 de ani cu prilejul unei întâlniri la Academia Pontificală de Ştiinţe. Este celebră imaginea în care Paul al VI-lea îngenunchează în faţa astrofizicianului aflat în scaun cu rotile pentru a-i înmâna medalia având imprimată chipul papei Pius al XI-lea pentru studiile sale privind găurile negre. Stephen Hawking i-a cunoscut de asemenea pe papa Ioan Paul al II-lea şi pe Benedict al XVI-lea, iar ultima oară când a fost la Vatican, în noiembrie 2016, el a fost primit şi de papa Francisc.