Noua companie pornea cu un mare avantaj: nu avea datorii. Dar nu pentru mult timp. În 2002, pe vremea ministrului Miron Mitrea, CFR Marfă a dat 10 milioane de euro pentru 100 de vagoane RO-LA. O afacere proastă. Proiectate pentru transportul camioanelor, nu au putut fi utilizate, pentru că sunt prea late pentru a putea trece prin tunelurile din România.
Pentru scurt timp, a avut şi monopolul pe transportul de marfă, dar, odată cu apariţia companiilor private, CFR Marfă a început să piardă rapid teren.
Din 2004 până acum veniturile CFR Marfa s-au redus la jumătate. În timp ce statul pierdea, privaţii prosperau. Principalul competitor, societatea controlată de Gruia Stoica, Grup Feroviar Român şi-a mărit veniturile de aproape şase ori.
La decăderea CFR Marfă au contribuit chiar autorităţile. În 2007, ministrul Ludovic Orban aproba înfiinţarea societăţii Rolling Stock Company. În această companie, CFR Marfă se asocia chiar cu GFR. Statul aducea 6.400 de vagoane şi aproape 100 de locomotive, iar GFR venea cu banii de reparaţii. Deşi iniţiat era acţionar majoritar, statul pierde controlul dupa doar un an.
2007 a fost ultimul an cu profit pentru CFR Marfă. În 2012, pierderile însumau peste 400 de milioane de lei.
CFR Marfă a pierdut contracte pe bandă rulantă. Din 1999 până în 2012 volumul mărfurilor transportate a scăzut cu mai mult de jumătate.
Societatea a trecut şi printr-o reorganizare masivă. Din 32.000 de angajaţi, în 1998, a ajuns la aproape 9.000. Nici parcul rulant nu a scăpat. Chiar în vara acestui an, în plin proces de privatizare, s-au scos la vânzare aproape 5.000 de vagoane. Din ele s-au vândut doar o mie.
Pe hârtie, CFR Marfă mai are 38.500 de vagoane şi aproape 900 de locomotive. În realitate, nimeni nu ştie ce mai este în patrimoniul societăţii. Fostul ministru al Transporturilor Relu Fenechiu constata, înainte de a-şi da demisia pentru corupţie, că au dispărut 100 de vagoane. „Există diferenţe între situaţiile din teren şi situaţiile din contabilitate”, spunea el.
Timp de 15 ani, 10 miniştri au stat şi au privit cum CFR Marfă moare. Compania a ajuns de la monopol la doar jumătate din piaţă şi cu o situaţie financiară dezastroasă: datorii de peste 2 miliarde de lei şi pierderi de peste 1,5 miliarde. Ca să o poată vinde, statul a anulat, în ultima clipă,o parte din datorii.