Potrivit unui comunicat al companiei, cauzele principale ale acestei decizii sunt legate de existența unor litigii împotriva Aeroportului Internațional Traian Vuia din Timișoara. Carpatair acuză aerobaza că ar fi favorizat o companie aeriană concurentă, prin pretinderea unor taxe mai mici. Carpatair susține că a suferit pagube estimate la peste 30 de milioane de euro, iar situația a intrat în vizorul Comisiei Europene.
Este important de spus și faptul că în ultima perioadă, Carpatair a suspendat până pe data de 31 martie mai multe zboruri din România, spre Italia și Germania. Singurele rute pe care compania va opera sunt cele de la Chișinău spre Londra și Veneția. Compania nu a mai înregistrat profit din anul 2007, iar între 2008 și 2012 a avut pierderi de aproape 150 de milioane de lei.