După 1947, odată cu instalarea regimului comunist, ateismul a devenit politică de stat, iar cultele religioase au fost cel mult tolerate. 14 dintre ele erau recunoscute oficial de stat. Toate celelalte denominaţiuni au fost catalogate fie „secte”, fie, în cazul disidenţilor din bisericile tradiţionale, „grupări anarhice”.
De o atenţie aparte a avut parte biserica greco-catolică, cea care de-a lungul întregii sale existente s-a identificat drept biserica naţională a românilor transilvăneni. A fost desfiinţată în 1948, iar întregul patrimoniu a fost transferat Bisericii Ortodoxe. Totul în numele „reîntregirii” bisericii majoritare şi al „refacerii unităţii spirituale” a ortodocşilor.
„Episcopii arestaţi toţi, iar arhiepiscopul trimis în domiciliu obligatoriu. Rămân vicarii generali, toţi arestaţi până la urmă. A încercat Securitatea să-i împingă, să-i streseze, ca să semneze un statut al Bisericii Catolice rupt de Roma. Nici ei nu au semnat. Cinste lor! Nu există niciun trădător", relevă Emanuel Cosmovici, cercetător CNSAS.
Preotul Matei Boilă, fost deţinut politic, explică: „Foarte mulţi au spus următorul lucru, ceea ce era adevărat: biserica greco-catolică avea în fruntea ei pe Papă, care era în afara zonei până unde braţul mârşav al bolşevismului putea să ajungă....deci nu era posibil să fie subordonat. În acelaşi timp, s-a întâmplat ca Biserica greco-catolică să aibă în epoca aceea nişte episcopi cu adevărat sfinţi, eroici. Astfel încât aceste două cauze făceau ca biserica noastră să nu poată fi în niciun caz aservită ateismului bolşevic. De aceea a fost lovită cu precădere"
Dintre bisericile neoprotestante doar patru au fost recunoscute. Calculul pe care regimul şi l-a făcut era simplu. Neoprotestanţii, mulţi dintre ei foarte activi în căutarea de noi adepţi, reprezentau o ameninţare pentru cultele tradiţionale. Tolerarea lor reprezenta un avertisment şi nu o dovadă a libertăţii religioase.
Pe de altă parte, ierarhii care făceau parte din cultele religioase recunoscute erau vegheaţi îndeaproape, supuşi presiunilor, iar cei care refuzau să accepte regulile impuse de stat deveneau ţinta persecuţiilor regimului sau, mai rău, erau trimişi în puşcării.
„Comuniştii au desfiinţat dieceze, mutau preoţii cum voiau, au întrerupt legătură între episcop şi popor, între episcop şi Papă. Pius al XII-lea a transmis românilor: Rezistaţi până la moarte! Aici e o problema a lui Dumnezeu şi a sufletelor. A cerut sacrificiu”, spune Emanuel Cosmovici, cercetător CNSAS.
Deşi a plătit un preţ greu în număr de victime - peste 1700 de preoţi arestaţi în anii sovietizării şi zeci de lăcaşuri de cult dărâmate, Biserica Ortodoxă a ales să colaboreze cu statul comunist. Aceasta s-a întâmplat poate şi pentru că, aşa cum scoate în relief Raportul Comisiei prezidenţiale pentru analiza dictaturii comuniste în România, BOR nu a avut, asemeni altor culte, sprijin - fie şi doar spiritual - din exterior.
De altfel, această moştenire a istoriei recente este una dintre problemele pe care biserica majoritară preferă să le evite. Spre deosebire de alte culte care au trecut prin comunism, Biserica Ortodoxă a preferat să nu transforme colaborarea cu regimul comunist într-o dezbatere publică.
Doar câteva culte din România au încercat să lămurească problema colaborării preoţilor cu organele represive comuniste.
„Există cereri din partea Bisericii Reformate.....propriii preoţi”, a confirmat la Digi24 Germina Nagâţ, cercetător CNSAS.
De-a lungul celor 45 de ani de comunism, toate cultele religioase au avut de suferit, iar această perioadă rămâne în istoria fiecăreia dintre ele ca una a suferinţei, a martirajului şi a curajului. Însă în unele cazuri mai înseamnă şi aplecare în faţa puterii, colaborare sau inacţiune atunci când credincioşii ar fi aşteptat exact opusul.