Nici măcar afacerile de 355 de milioane de euro nu au ajutat InterAgro să se redreseze. În momentul în care Ioan Niculae a început să aibă probleme penale, firmele sale au început să sufere. Omul de afaceri execută o pedeapsă de doi ani şi jumătate cu executare după ce a fost condamnat în dosarul finanţării campaniei electorale prezidenţiale a lui Mircea Geoană.
Ioan Niculae este cercetat şi într-un dosar cu o tentă economică mai clară, cel al gazului ieftin pe care combinatele controlate de grupul InterAgro l-au primit de la stat în timpul mandatelor lui Varujan Vosganian şi Adriean Videanu la cârma ministerului Economiei.
Procurorii spun că subvenţiile primite de combinatele lui Ioan Niculae nu erau justificate câtă vreme îngrăşămintele produse ajungeau la export. Niculae ar fi vrut să vândă şi pe piaţa internă, dar tot cu ajutorul statului.
Potrivit unui denunţ făcut la DNA de Dorin Cocoş, Ioan Niculae ar fi încercat să obţină şi o ordonanţă de urgenţă prin care fermierii români să fie ajutaţi să cumpere îngrăşăminte de producţie internă, adică de la combinatele din curtea InterAgro. Combinate pe care Ioan Niculae le-a tot închis şi deschis la un moment dat cu cu speranţa că va convinge statul să-i acorde un preţ mai bun la gazele folosite. În cele din urmă le-a oprit activitatea definitiv. Ceea ce a avut impact şi pe piaţa de energie. Cum combinatele erau mari consumatori de gaz, închiderea lor a redus dependenţa României de contractele cu Gazprom. Dar, în acelaşi timp i-a obligat pe fermieri să caute îngrăşăminte chimice peste hotare.