Cum a fost descoperită varianta „Omicron” de oamenii de știință din Africa de Sud
Noua variantă a coronavirusului, cunoscută ca Omicron, a fost identificată prima dată în Africa de Sud. În primele zile ale lunii noiembrie, tehnicienii de laborator de la Laboratoarele Lancet din Pretoria, Africa de Sud, au descoperit câteva caracteristici neobișnuite în mostrele pe care le testau pentru coronavirus. În esență, lipsea o genă din ceea ce ar fi reprezentat un profil normal al genomului virusului SARS-CoV-2. Testele RT-PCR nu au detectat una dintre țintele cercetate, iar oamenii de știință și-au dat seama că virusul care a generat pandemia de COVID-19 s-a schimbat, notează CNN.
La doar câteva zile mai târziu, același fenomen a fost raportat la Departamentul de Patologie Moleculară al celor de la Lancet din Johannesburg. Dr. Allison Glass, patolog în cadrul instituției, a spus că descoperirea a coincis cu o creștere a cazurilor testate pozitiv cu Covid-19 în anumite părți ale Africii de Sud.
În provincia Gauteng, care include orașul Johannesburg, mai puțin de 1% dintre oameni au fost testați pozitiv la începutul lunii noiembrie. Însă numărul cazurilor a ajuns la un procent de 6% în decurs de doar două săptămâni și la 16% până miercuri, pe 1 decembrie, la aproximativ o lună distanță de la depistarea Omicron.
„Descoperirea a stârnit îngrijorări cu privire la faptul că suntem în fața unei noi creșteri a cazurilor”, le-a declarat Glass jurnaliștilor de la CNN.
Trei săptămâni mai târziu, ceea ce oamenii de știință din Africa de Sud au descoperit, urma să fie cunoscut în întreaga lume ca varianta Omicron a coronavirusului descoperit în Wuhan la sfârșitul lui 2019.
Creșterea numărului de cazuri din Gauteng a stârnit îngrijorări și la Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA), iar directorul acestei instituții, Tulio de Oliveira, a convocat o întâlnire pe data de 23 noiembrie pentru a dezbate această situație. „Am auzit de la un membru al rețelei noastre că un laborator privat, Lancet Laboratories, a trimis șase genomuri ale unui virus cu foarte multe mutații. Și, când ne-am uitat la genom, am devenit destul de îngrijorați”, a declarat ulterior acesta.
Tulio de Oliveira a observat apoi că în mai puțin de două săptămâni, noua variantă domina toate infecțiile cu COVID-19 din Africa de Sud.
Citește și: OMS: Testele PCR rămân eficiente pentru depistarea Omicron, dar testele rapide sunt sub semnul întrebării
Originea Omicron este un mister
Nu se știe încă unde și când a apărut pentru prima dată tulpina Omicron. Nu există un „Pacient Zero” identificabil, adică o primă persoană despre care se știe că a fost infectată cu această nouă variantă.
„Nu putem să evaluăm de unde provine Omicron”, a transmis directorul Centrului African pentru Controlul și Prevenirea Bolilor, John Nkengasong, pe 30 noiembrie. „Primele cazuri au fost recunoscute și identificate în Botswana și, ulterior, în Africa de Sud”, a mai spus John Nkengasong, subliniind însă că „identificarea într-un loc a unui virus, a unei noi tulpini sau a unei noi variante nu înseamnă neapărat că a venit de acolo”.
„Apariția Omicron ar putea fi o consecință a unui focar de infecții care a apărut probabil în unele părți din Africa Subsahariană, unde nu se desfășoară o supraveghere genomică foarte atentă, iar rata de vaccinare este scăzută”, a precizat Michael Head, cercetător în sănătatea globală la Universitatea din Southampton.
La rândul său, Trevor Bedford, cercetător în cadrul Departamentului de Epidemiologie la Universitatea din Washington, a declarat că, pe baza analizei genomice din Botswana și Africa de Sud, „varianta Omicron a apărut probabil mult mai devreme decât atunci când a fost descoperită, cel mai probabil la începutul lunii octombrie”.
The world should be immensely grateful to @Tuliodna, @ceri_news, @nicd_sa, the Network for Genomics Surveillance in South Africa and the Botswana Harvard HIV Reference Laboratory for discovering this variant and immediately alerting to its existence. 16/16
— Trevor Bedford (@trvrb) November 26, 2021
Kristian G. Andersen, virolog la Laboratorul Andersen din California, a avut o opinie similară, scriind pe twitter că „putem estima că, pe baza diversității genomurilor prelevate, majoritatea estimărilor ne arată că Omicron este relativ tânăr”.
I should correct myself here - for #2 I should have used "chronic infection" who may or *may not* have been immunocompromised.
— Kristian G. Andersen (@K_G_Andersen) December 2, 2021
Also discussed here in this great article from @kakape: https://t.co/A15zGRxPf6
Quick comments on why I don't believe #1 can be true 👇 https://t.co/WsxnJdU5Jr
De ce acumulează virusul mutații și cum s-ar fi dezvoltat varianta Omicron
Pe parcursul infecției, virusul trebuie să facă miliarde și miliarde de copii ale codului său genetic. Uneori, în procesul de replicare apar și erori iar unele „litere” sunt „copiate” greșit. SARS-CoV-2 are mecanisme pentru a corecta majoritatea erorilor de copiere, dar nici aceste mecanisme nu pot funcționa perfect, iar unele mutații mai scapă, potrivit The New York Times.
Majoritatea mutațiilor au un efect minor sau inexistent asupra biologiei virusului și nu prezintă decât interes epidemiologic. Dar dacă aceste mutații apărute întâmplator îi oferă virusului un avantaj, ceea ce ar însemna o transmisibilitate mai mare și capacitatea de a „ocoli” o parte din mecanismele de protecție ale organismului.
În general, mutațiile se acumulează una câte una și pot fi urmărite pe multiple generații virale până la apariția unei variante dominante. Oamenii de știință care lucrează în epidemiologie moleculară alcătuiesc arbori filogenetici prin care urmăresc gradul de „înrudire” dintre virusurile din diferite probe secvențiate (similari arborilor genealogici prin care oamenii își trasează legăturile de familie).
La Omicron și la unele variante virale anterioare lipsesc mai multe generații de legătură. Teoriile principale în momentul de față sunt că:
- Tulpinile virale din aceste generații de legătură ar fi putut circula pentru mai mult timp în zone cu capacitate insuficientă de secvențiere pentru a le detecta, acumulând mutații;
- Virusul a evoluat într-o gazdă care nu a putut elimina infecția pentru o perioadă mai mare de timp (luni de zile), suficient pentru a acumula toate mutațiile observate înainte de a se transmite mai departe.
Este dificil de spus în momentul de față dacă varianta Omicron produce forme mai ușoare sau mai severe de COVID-19 din cauza numărului mic de cazuri înregistrate și a timpului scurt de când aceasta a fost descoperită. De la infecție la dezvoltarea unei forme severe a bolii durează, în general, peste o săptămână iar majoritatea cazurilor identificate până acum sunt la persoane tinere cu risc mai mic de evoluție severă a COVID-19. Însă, scrie The Guardian, toate variantele SARS-CoV-2 de până acum au fost asociate cu un risc semnificativ de evoluție severă a bolii.
Călătoriile sunt calea cea mai ușoară prin care se transmite Omicron
Creșterea numărului de infecții la începutul lunii noiembrie ar fi putut pregăti terenul pentru numeroasele cazuri de Omicon care sunt acum identificate în alte părți ale lumii. Majoritatea cazurilor internaționale urmărite de CNN până la sfârșitul lunii noiembrie au implicat persoane care au călătorit din sau prin Africa de Sud sau din sau prin Mozambic, Malawi, Botswana și Namibia.
Spre exemplu, pe 11 noiembrie, patru străini care au părăsit Botswana au fost testați pozitiv pentru coronavirus. Pe 24 noiembrie, aceștia au fost informați de Ministerul Sănătății din Botswana că sunt infectați cu varianta Omicron.
Tot pe 11 noiembrie, un bărbat de 36 de ani din Hong Kong a ajuns acasă după o călătorie de 20 de zile în Africa de Sud. Acesta a trecut și prin Qatar. Două zile mai târziu, în timp ce se afla în carantină, a fost testat pozitiv cu COVID-19. Secvențierea genomului a confirmat că este vorba de varianta Omicron.
De asemenea, CNN a analizat datele disponibile public până acum și a descoperit că aproximativ 90% dintre infecțiile cu Omicron înregistrate până în prezent în Europa au implicat persoane care au călătorit prin sau dinspre Africa de Sud.
Cu toate acestea, secvențierea este în multe țări destul de limitată. Doar un procent foarte mic dintre testele COVID sunt supuse secvențierii, un proces care durează mai mult decât un simplu test.
Nu toate indiciile despre originea Omicron duc spre sudul Africii
În timp ce unele dintre persoanele care au călătorit în sudul Africii au purtat cu siguranță varianta până în locul în care s-au întors, există și situații diferite. Una dintre acestea implică o femeie din Belgia, care a călătorit în Egipt prin Turcia. Aceasta a ajuns acasă pe 11 noiembrie și a fost testată pozitiv cu Omicron abia 10 zile mai târziu.
Totodată, mai multe cazuri confirmate în Canada au fost asociate călătoriilor în Nigeria. Pe 1 Decembrie, a fost identificat un caz de Omicron în Arabia Saudită la un cetățean care călătorise în nordul Africii. La rândul său, un medic israelian a fost testat pozitiv cu Omicron când a ajuns acasă de la o conferință la care a participat la Londra. Acesta nu a călătorit recent în Africa de Sud.
În Scoția, niciunul dintre cele nouă cazuri de Omicron raportate pe 30 noiembrie nu aveau un istoric de călătorie. În schimb, toate persoanele participaseră la un eveniment comun în 20 noiembrie. Prim-ministrul scoțian Nicola Sturgeon a spus că „lipsa informațiilor privind posibilele călătorii în străinătate asociată cu aceste cazuri sugerează că există o transmisie comunitară a Omicron în Scoția.”
Aceasta a mai subliniat că este puțin probabil ca aceste cazuri să fie rezultatul interacțiunii directe de la conferința COP26 privind schimbările climatice, care a avut loc la Glasgow în perioada 31 octombrie - 12 noiembrie.
Devine clar că, oricum ar fi ajuns în Europa, Omicron a fost prezent pe continent o mare parte din luna noiembrie. În Olanda, institutul de sănătate RIVM a declarat că a detectat Omicron în mostre care datează din 19 și 23 noiembrie. Acestea au fost reperate cu mai mult de o săptămână înainte ca pasagerii unui zbor KLM care sosea din Johannesburg să fie identificați ca fiind primele cazuri cunoscute de Omicron din Țările de Jos.
„Nu este încă clar dacă persoanele în cauză, cele ale căror mostre datau din perioada 19 - 23 noiembrie, au fost și în Africa de Sud”, a informat marți RIVM.
Citește și: Varianta Omicron a fost confirmată în SUA
Specialiștii spun că mai sunt multe informații de descoperit despre noua variantă de coronavirus denumită „Omicron”, iar în următoarele luni trebuie să se facă eforturi pentru a se găsi răspunsuri la întrebări precum:
- Cât de repede se poate răspândi Omicron?
- Poate evita sau anula răspunsul imunitar generat de vaccinurile existente împotriva COVID-19?
- Va avea ca rezultat doar simptome ușoare pentru majoritatea celor infectați?
Deocamdată, varianta „Delta” rămâne tulpina dominantă, reprezentând 99,8% din secvențierile globale încărcate în baza de date GISAID, potrivit celui mai recent buletin informativ al OMS. Însă, acest buletin notează, de asemenea, că „Africa de Sud, unde Omicron a fost detectat pentru prima dată, a cunoscut recent o creștere bruscă a numărului de cazuri în mai multe provincii, care coincide cu detectarea variantei Omicron”.
În ultimele două săptămâni, Africa de Sud a trecut de la o medie săptămânală de 290 de cazuri pe zi la aproape 3.800 de cazuri zilnice. Miercuri, autoritățile au raportat 8.561 de cazuri noi la nivel național. Autoritățile au spus că trei sferturi din testele pozitive din provincia Gauteng sunt asociate variantei Omicron.
Directorul general al OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a spus săptămâna aceasta că „avem încă mai multe întrebări decât răspunsuri despre efectul Omicron asupra transmiterii, severitatea bolii și eficacitatea testelor, terapiilor și vaccinurilor”.
Până când se vor găsi răspunsuri, lumea se confruntă cu o nouă variantă a coronavirusului, care s-a răspândit deja în aproape treizeci de țări de pe patru continente.
Editor : Marco Badea
Descarcă aplicația Digi24 și află cele mai importante știri ale zilei
Urmărește știrile Digi24.ro și pe Google News