„Măgureanu, ca şi cu alţi liderii ai alianţei de acum... Naţionale din 2000 am discutat foarte puţin. Pentru că acolo era o echipă politică. Eu personal am avut negocieri cu dânşii pentru că am sperat să poată fi oprit domnul Ion Iliescu, care candida la preşedinţia României. Din păcate, dânşii au văzut altfel lucrurile şi nu am avut posibilitatea unei coperări. Repet, sunt totuşi o persoană care vine din societatea civilă şi vă rog să mă credeţi că ştiu să-mi menţin punctele de vedere şi să mi le apăr. Din acest punct de vedere, mulţi politicieni nu sunt foarte relaxaţi în ceea ce priveşte relaţia cu mine, aşa cum, în general, politicienii nu sunt relaxaţi în relaţia cu societatea civilă. Însă sper ca de data aceasta chiar să fie un nou început. Repet, o să dau toate explicaţiile necesare cu privire la orice este legat de trecutul meu, de biografia mea, de activitatea mea. Dar vrea să fiţi siguri că nu este nimic şi nu există nimic în activitatea mea civică, profesională, culturală, ştiinţifică, social-politică de care să-mi fie ruşine sau care să poată constitui un element de natură a aduce prejudicii de imagine, de credibilitate şi aşa mai departe”, a răspuns Marian Munteanu unei întrebări privind relaţia pe care o mai are cu Virgil Măgureanu.
În anul 2000, Partidul Naţional Român, condus de fostul şef al SRI Virgil Măgureanu, l-a desemnat pe Marian Munteanu candidat la preşedinţie. După ce iniţial a acceptat, fostul lider al studenţilor şi-a retras candidatura. După mineriada din 13-15 iunie 1990, atunci când a fost bătut de mineri şi a stat câteva zile în comă, Marian Munteanu îl acuzase pe Virgil Măgureanu de reprimarea violentă a manifestaţiei populare din Piaţa Universităţii.